هدایت تحصیلی دانش‌آموزان معلول جسمی حرکتی با چالش‌های متعددی برای مشاوران همراه است. این چالش‌ها شامل نیاز به درک عمیق از محدودیت‌ها و توانمندی‌های خاص هر دانش‌آموز و تأثیر معلولیت بر انتخاب‌های تحصیلی و شغلی آینده آن‌ها می‌شود. کمبود منابع و ابزارهای تخصصی برای ارزیابی دقیق استعدادها و علایق این دانش‌آموزان و عدم آگاهی کافی مشاوران در زمینه فرصت‌های آموزشی و شغلی متناسب با شرایط آن‌ها از دیگر موانع است. همچنین، همکاری ناکافی با خانواده‌ها، معلمان و متخصصان توانبخشی و محدودیت‌های دسترسی فیزیکی و اطلاعاتی می‌تواند فرایند هدایت تحصیلی را پیچیده‌تر سازد. در نهایت، مواجهه با نگرش‌های منفی جامعه و بازار کار نسبت به توانایی‌های افراد دارای معلولیت، چالش مضاعفی برای مشاوران در جهت توانمندسازی و ایجاد امید در این دانش‌آموزان به شمار می‌رود.