مختار ثقفی که از جنگ و جهاد کناره گرفته است، در گندمزارهای پربار مدائن به زراعت مشغول می‌شود. تا آنکه دوست جنگجو و ایرانی‌اش کیان، به ملاقات او آمده و برایش از غم و غربت امام حسن مجتبی (ع) می‌گوید؛ امامی که سرداران دور و نزدیکش او را تنها گذارده و به بهای زر و زیور معاویه، خیانت پیشه کرده‌اند. با ادامه یافتن ظلم‌های معاویه و بی‌وفایی مردم نسبت به اهل‌بیت (ع)، واقعه عاشورا رخ می‌دهد و مختار که در بند عبیدالله بن زیاد زندانی بود، پس از آزادی به خونخواهی سید و سالار شهیدان قیام می‌کند.
در این مجموعه بازیگرانی چون فریبرز عرب‎نیا، مهدی فخیم‎زاده، فرهاد اصلانی، رضا رویگری، رضا کیانیان، الهام حمیدی، فریبا کوثری، شهرام حقیقت دوست، امین زندگانی و... به ایفای نقش پرداخته‌اند.
فیلمبرداری سریال «مختارنامه» از سال ۱۳۸۳ آغاز شده بود و در سال ۱۳۸۸ به پایان رسید و کارگردانی آن را داوود میرباقری بر عهده داشته است.
«مختارنامه» هر شب ساعت 12 بامداد پخش و روز بعد ساعت 18 بازپخش می شود.