اولین مخالفت‌ با فعالیت‌های علامه طباطبایی را می‌توان با تدریس برخی از دروس فلسفی از جمله اسفار ملاصدرا دانست. بنابر گفته برخی از شاگردان، بیشتر از دویست و پنجاه طلبه در درس اسفار شرکت می‌کردند. بنا بر برخی روایت‌ها آیت‌الله‌العظمی بروجردی زعیم حوزه قم تحت فشار برخی عالمان وقت به علامه طباطبایی پیغام می‌دهد تا درس اسفار را تعطیل کند. در نهایت و پس از کش و قوس فراوان آیت‌الله بروجردی موافقت می‌کند که بجای کتاب اسفار ملاصدرا، کتاب شفای بوعلی تدریس شود و جریان فلسفه‌آموزی در حوزه ادامه پیدا می‌کند.

در دو دهه‌ی اخیر نیز نگاه سیاسی علامه طباطبایی به انقلاب اسلامی مورد بحث و مناقشه بوده است. در حالی که برخی معتقدند علامه طباطبایی در سالهای پیش از انقلاب با رهبران اصلی انقلاب اختلافات نظری داشته است و فعالیتی در راستای انقلاب نداشته است در مقابل برخی معتقدند علامه طباطبایی با نقد اندیشه مارکسیستی زمینه فکری انقلاب اسلامی را مهیا کرده است.